Я думаю, что в руководстве отсутствует информация used_in_forms.
При создании атрибута customer необходимо указать, где будет отображаться атрибут.
После добавления вашего атрибута с помощью:
$setup = new Mage_Eav_Model_Entity_Setup('core_setup');
$setup->addAttribute('customer', 'my_attribute', array(
...
));
Вы должны указать Magento, где его использовать:
$eavConfig = Mage::getSingleton('eav/config');
$attribute = $eavConfig->getAttribute('customer', 'my_attribute');
$attribute->setData('used_in_forms', array('adminhtml_customer', 'customer_account_create', 'customer_account_edit', 'checkout_register'));
$attribute->save();
Надеюсь, это поможет.