Ваши скомпилированные java-файлы обычно проходят через процесс обфускации, используя приложение под названием proguard .
Вот что запутывание объяснил вики:
Запутывание - это запутывание предполагаемого смысла общения, затрудняя понимание сообщения, обычно запутанным и двусмысленным языком. Запутывание может быть либо непреднамеренным, либо преднамеренным (хотя намерение обычно обозначается как), и оно осуществляется с помощью обводов (разговоры вокруг предмета), использования жаргона (технического языка профессии) и использования арго (языка внутригруппы) с ограниченной коммуникативной ценностью для посторонних.
Так как он уже запутан, при обращении байт-кода обратно в файл Java он будет отличаться от реального файла. Однако структура кодирования и тому подобное останутся прежними.