Ваша строка
realm.add(ayahs, update: true)
Ваш объект Айах
Кажется, у вас есть первичный ключ - id или другой, где его обновляет тот же объект другим ключом,
Попробуйте удалить первичный ключ, проверьте его.
Я отредактирую свой ответ, если вы поделитесь с ним классом Ayah.
Вы должны удалить
print(realm.objects(Ayah.self).count)
из метода внутри и показать, когда метод завершает работу.