Если вы хотите добавить файл .htaccess в какой-то каталог, к которому обращаетесь на вашем HTTP-сервере Apache, вам нужно будет найти какой-то другой механизм, кроме как запекать его глубоко внутри файла maven jar или war.
Даже если htaccess был распакован где-то в рамках развертывания, если Apache HTTP Server участвует в обслуживании весеннего приложения, он не будет проходить через файловую систему.