Ну, это "безопасно" в том смысле, что оно не взорвет ваш компьютер. Но папка .gradle является кешем зависимостей - каждая библиотека, в которой нуждается ваше приложение, должна храниться там для того, чтобы вы действительно собрали / протестировали / запустили свой код. Следует ожидать, что это займет много места. Вы можете получить некоторое преимущество от его удаления и повторной загрузки зависимостей, особенно если там много старых зависимостей, которые вы не используете, но в силу вашей работы он будет заново создан и запущен заполняя снова.
Папка Android Studio немного похожа - она не является кешем зависимостей, так как там не будет установлено много разных вещей, но вам все равно необходимо на самом деле создать свой код. Если вы удалите его, вам просто придется переустановить что-то там, чтобы ваш код заработал.