Компиляция R не удалась для пакета fst - PullRequest
Новая
       16

Компиляция R не удалась для пакета fst

0 голосов
/ 26 августа 2018

Я пытаюсь установить fst R пакет из CRAN, но я получаю ошибку: 

gcc -I"/path/apps/R/3.5.1-20180807-test/x86_64-linux-2.6-rhel6/lib64/R/include" -DNDEBUG 
-fopenmp -I. -Ifstcore -Ifstcore_v1 -Ifstcore/LZ4 -Ifstcore/ZSTD -Ifstcore/ZSTD/common 
-Ifstcore/ZSTD/decompress -Ifstcore/ZSTD/compress 
-I"/path/apps/R/3.5.1-20180807-test/x86_64-linux-2.6-rhel6/r_libs_site/Rcpp/include" 
-I /path/apps/R/static-zlib-gcc6.3/x86_64-linux-2.6-rhel6/include   -fpic  
-I /path/apps/R/static-zlib-gcc6.3/x86_64-linux-2.6-rhel6/include   
-c fstcore/ZSTD/compress/huf_compress.c -o fstcore/ZSTD/compress/huf_compress.o
gcc -I"/path/apps/R/3.5.1-20180807-test/x86_64-linux-2.6-rhel6/lib64/R/include" -DNDEBUG 
-fopenmp -I. -Ifstcore -Ifstcore_v1 -Ifstcore/LZ4 -Ifstcore/ZSTD -Ifstcore/ZSTD/common 
-Ifstcore/ZSTD/decompress -Ifstcore/ZSTD/compress 
-I"/path/apps/R/3.5.1-20180807-test/x86_64-linux-2.6-rhel6/r_libs_site/Rcpp/include" 
-I /path/apps/R/static-zlib-gcc6.3/x86_64-linux-2.6-rhel6/include   -fpic  
-I /path/apps/R/static-zlib-gcc6.3/x86_64-linux-2.6-rhel6/include   
-c fstcore/ZSTD/decompress/zstd_decompress.c -o fstcore/ZSTD/decompress/zstd_decompress.o
/tmp/cc0LoSFX.s: Assembler messages:
/tmp/cc0LoSFX.s:7353: Error: no such instruction: `shlx %rax,%rdx,%rax'
/tmp/cc0LoSFX.s:8204: Error: no such instruction: `shlx %rax,%rdx,%rax'
/tmp/cc0LoSFX.s:8608: Error: no such instruction: `shlx %rax,%rdx,%rax'
make: *** [fstcore/ZSTD/decompress/zstd_decompress.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘fst’

Есть ли какая-нибудь необходимая библиотека linux, которая может быть скомпилирована из исходного кода? Что еще я могу сделать?

EDIT: 

$ gcc -v
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gcc
COLLECT_LTO_WRAPPER=/path/apps/gcc/6.3.0/x86_64-linux-2.6-rhel6/bin/../libexec/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/6.3.0/lto-wrapper
Target: x86_64-pc-linux-gnu
Configured with: ./configure --prefix=/path/apps/gcc/6.3.0/x86_64-linux-2.6-rhel6 --disable-multilib
Thread model: posix
gcc version 6.3.0 (GCC)

1 Ответ

0 голосов
/ 29 августа 2018

Поместите это здесь для потомков на случай, если другие столкнутся с этим вопросом при столкновении с подобными проблемами.

Оказывается, что, насколько мы можем судить, проблема была в несовместимых версиях ассемблера (/ usr /bin / as) и gcc (наша несистемная установка 6.3.0).

Так что, если вы приземлились здесь в конце своей веревки, не зная, почему вы видите эти ошибки, ищите совместимую версию ассемблера (в мире Linux это часть модуля / проекта binutils).).Надеюсь, это поможет.

...