Может быть, как указано в этой теме , вам нужно добавить .svn в список вещей, которые вы не хотите копировать в выходную папку.
Window->Preferences->Java->Compiler->Building->Output folder
Действительно, когда я добавил «.svn» в список «Отфильтрованных ресурсов», проблема исчезла.
У меня было два исходных каталога: src и test, которые оба были в SVN.
Очевидно, «Затмение» осознало, что src/.svn/entries и test/.svn/entries являются дубликатами, и пожаловалось.