Конечно, вы можете запустить много серверов MySQL на одной машине. Но каждый экземпляр сервера должен работать на другом порту (по умолчанию 3306).
Короче говоря, вы должны отредактировать ваш файл конфигурации MySQL (обычно он называется my.ini
) и установить порт (я полагаю, вы установили серверы каждый в отдельной папке). После этого вы сможете подключиться к данному серверу, указав выбранный порт.