Ваш псевдоним неуместен, но я бы написал это обновление, используя объединение:
UPDATE tbl_message_types a
INNER JOIN UPDATE tbl_message_types b
ON a.id = b.id AND
COALESCE(b.created_at, '0000-00-00') != '0000-00-00'
WHERE COALESCE(a.created_at, '0000-00-00') = '0000-00-00';
Обратите внимание, что непонятно, как вы получили значения datetime 0000-00-00
в вашей таблице. В моем ответе я трактую NULL
таким же образом, хотя вы можете отменить звонок на COALESCE
, если не согласны.