Используйте nssm.exe, но не забудьте установить AppDirectory, иначе все необходимые библиотеки или ресурсы будут недоступны. По умолчанию nssm устанавливает текущий рабочий каталог в каталог приложения, java.exe, а не в jar.
Так что сделайте это, чтобы создать пакетный скрипт:
pushd <path-to-jar>
nssm.exe install "<service-name>" "<path-to-java.exe>" "-jar <name-of-jar>"
nssm.exe set "<service-name>" AppDirectory "<path-to-jar>"
Это должно исправить проблему приостановленной службы.