Этот конкретный ключ касается настроек безопасности вашего компьютера, а не только IE. В других частях операционной системы параметры зоны используются для определения разрешений, предоставляемых исполняемому файлу. .Net Framework делает много вещей под капотом, о которых мы просто не знаем, включая определение соответствующих разрешений.
Мне было бы интересно узнать, как было установлено ваше приложение. (т. е. ClickOnce, или он был загружен с веб-адреса или с общего диска в вашей сети?)
Возможно, это произошло из потенциально "ненадежного" местоположения, подобного тому, которое я только что упомянул, и среда выполнения пытается предоставить ему разрешения, необходимые для запуска.
Конечно, тогда возникают очевидные вопросы, например, выполняет ли приложение ЛЮБОЙ доступ к сети (вызовы веб-служб, доступ в Интернет, доступ к другим машинам в сети, подключение к централизованному серверу БД, загрузка файлов с любого из перечисленных и т. д.)