Ваш файл журнала будет содержать более подробную информацию об ошибке, но Внутренняя ошибка сервера в сценарии CGI обычно означает, что когда сервер пытался выполнить вашу программу CGI, ожидаемые заголовки отсутствовали.
В сценарии perl это будет (например):
use CGI qw(:standard);
print header();
Который распечатает что-то вроде:
Content-type: text/html
Попробуйте запустить скрипт CGI из командной строки и посмотрите, выводит ли эти строки. Другая проблема может быть связана с правами доступа. Возможно, Apache не сможет выполнить ваш скрипт.