Альтернативный и самый простой способ разрешить пользователю добавлять значок на рабочем столе - создать собственный раздел, который это делает. После этого пользователь может добавить ярлык на странице «Функции» установщика, и вам не нужно вносить серьезные изменения в пользовательский интерфейс.
Section "Desktop Shortcut" SectionX
SetShellVarContext current
CreateShortCut "$DESKTOP\Your Program.lnk" "$INSTDIR\YourProgram.exe"
SectionEnd