Это должно привести вас в правильном направлении:
import pandas as pd
import numpy as np
columns = pd.MultiIndex.from_product([['A','B'],['D','E'],['F','G']])
index = pd.MultiIndex.from_product([['Y','Z'],['M','N']], names=['X',''])
df = pd.DataFrame(np.random.randn(len(index),len(columns)), index=index, columns=columns)
Обратите внимание, что без более конкретного вопроса или требований вашей проблемы трудно сформулировать полное решение, соответствующее вашим критериям. Я бы порекомендовал работать с приведенным выше кодом и изменить его в соответствии с вашими потребностями, а затем задавать оттуда дополнительные конкретные вопросы.