Это выглядит неловко, как файл FASTA.Вот как я бы это сделал:
Если вы хотите заменить имя в порядке:
awk '(NR==FNR){a[FNR]=$0;next}/^>/{print a[++c]; next}1' File2 File1 > File1.new
Если вы хотите заменить имя на основепо содержанию:
awk -F '|' '(NR==FNR){a[$1]=$0;next}/^>/{print a[$0]; next}1' File2 File1 > File1.new