Так что я исправил проблему. Кажется, как будто этот метод .....
sftpChannel.put(fileByteInputStream, fileName, sftpChannel.OVERWRITE);
не работает должным образом. Хотя в документации Jcraft прямо сказано, что ...
put(String src, String dst, int mode)
//Uploads a file.
когда я изменяю его на другой метод пут, как так ....
sftpChannel.put(fileByteInputStream, fileName, null, sftpChannel.OVERWRITE);
мои проблемы с перезаписью исчезли, если использовать метод put ...
put(String src, String dst, SftpProgressMonitor monitor, int mode)
//Uploads a file.
Я могу передать без каких-либо сбоев, когда файл уже существует, и я хочу перезаписать его.