Чтобы открыть текущий каталог, просто запустите:
phpstrom64 .
Если вы используете git bash в Windows, запустите:
cmd "/C phpstorm64 ."
Убедитесь, что C: \ Program Files \ JetBrains \PhpStorm 2018.3.3 \ bin находится в переменной окружения PATH (это по умолчанию после установки)