Я присоединился к проекту EF около 2 месяцев назад, и мы тоже заметили эту проблему.
Полагаю, самое простое (и наиболее эффективное) решение - создать представление, которое выполняет всю магию JOIN, и отобразить это представление в EF.
С другой стороны, требование представления для каждой проблемы производительности, вероятно, не то, что мы ожидали, когда начали работать с EF.