Вы можете зашифровать и расшифровать вручную, используя симметричный шифр внутри вашего приложения (например, AES), и сохранить зашифрованный пароль в файле конфигурации.
Проблема, конечно, в этом заключается в том, что вам придется хранить симметричный ключ, который шифрует и дешифрует пароль внутри вашего приложения, так что любой, кто разбирается в крипто и .net, сможет отразить и проанализировать ваш двоичный файл довольно легко - и получить ключ и, следовательно, пароль FTP.
Вы можете запутать свой двоичный файл, чтобы сделать это более сложным.
Конечно, имя пользователя и пароли FTP все равно отправляются в виде открытого текста (если вы не используете ftps :), поэтому любой, кто «слушает» ваше приложение, довольно быстро определит имя пользователя и пароль.
Я полагаю, все сводится к тому, насколько безопасно вы хотите использовать это имя пользователя и пароль в своем приложении? Это решение препятствует тому, чтобы те с любопытными глазами получили его, но не те, которые решительно настроены.