В тех случаях, когда файлы, кажется, не имеют отступа, который вы ожидаете получить в зависимости от ваших настроек, виновником, как правило, является этот параметр:
// Set to false to disable detection of tabs vs. spaces on load
"detect_indentation": true,
По умолчанию этот параметр включен, что позволяет Sublime пытаться обнаружить отступ файла при его открытии. Обнаружение может заставить его предположить, что файл должен использовать вкладки вместо пробелов (или наоборот), а также заставить его думать, что tab_size - это не то, что вы ожидаете.
На вашем скриншоте выглядит как минимум секунда - это то, что происходит с вами; размер вкладки выглядит так, как будто он установлен на 2 вместо 4.
Если вы просматриваете строку состояния при открытии файла, вы можете видеть, что он генерирует там сообщение типа Detect Indentation: setting indentation to 2 или что-то в этом духе.
Особенности того, как работает автоопределение, можно найти в плагине detect_indentation.py в пакете Default, но, грубо говоря, он определяет отступ, видя, сколько строк с отступами в виде табуляции по сравнению с пробелами, а также проверка общих размеров отступов.
Отключение настройки и повторное открытие файла в большинстве случаев устраняет проблему. Если это по-прежнему не решает проблему, потому что отступ застрял на старом уровне, вам может понадобиться воспользоваться командами Convert Indentation, которые вы можете найти в меню, которое открывается при нажатии на часть строки состояния. это говорит вам, как это делать отступы.