Нет причин работать построчно (маленькие куски И требует, чтобы Python нашел конец строки для вас! -), просто разбейте его на большие куски, например:
# from urllib2 import urlopen # Python 2
from urllib.request import urlopen # Python 3
response = urlopen(url)
CHUNK = 16 * 1024
with open(file, 'wb') as f:
while True:
chunk = response.read(CHUNK)
if not chunk:
break
f.write(chunk)
Поэкспериментируйте с различными размерами блоков, чтобы найти "подходящее место" для ваших требований.