Являются ли эти "другие файлы" только данными, используемыми приложением Java? Если это так, то вы можете просто включить их в JAR. Если у вас есть другие исполняемые файлы, написанные не на языке Java, вам может потребоваться другое решение для упаковки.
Файл JAR в основном совпадает с файлом ZIP. Вы можете увидеть его внутри и легко отредактировать, переименовав его расширение в .ZIP и открыв его любой программой, которая работает с файлами ZIP (например, 7-zip или окно основной файловой системы в большинстве современных ОС). Существуют специфичные для JAR инструменты, но я предпочитаю просто использовать стандартные инструменты ZIP. (Измените расширение обратно на .JAR, когда вы закончите, конечно.)
JAR - это просто сжатая форма структуры каталогов, которая необходима для запуска вашего Java-приложения, плюс файл манифеста для предоставления информации о том, что внутри.