pyperl обеспечивает встраивание perl для python, но, честно говоря, я бы так не поступил. Второе предложение Робото - написать скрипт, который запускает NCleaner (либо обрабатывает от stdin до stdout, либо работает с временными файлами, в зависимости от того, какой из них более подходит), и запускает его как подпроцесс.
Или, поскольку на странице NCleaner я вижу, что у него есть реализация C, используйте все возможности, которые есть у Python для привязки к коду C, и напишите модуль Python, который обертывает реализацию C NCleaner. Тогда в будущем ответ на вызов NCleaner из Python будет «здесь, используйте этот модуль».
Сноска: Inline :: Python - лучший код, чем pyperl, и я бы предложил использовать его вместо этого, но он поддерживает только возврат Python к Perl, когда Python вызывается из Perl в первое место - возможность встраивать Perl в Python указана в качестве возможной будущей функции, но так было с 2001 года, так что не останавливайтесь.