Основными единицами кода в Java являются классы, а не файлы. Импортировать файлы просто не имеет смысла, это неправильный уровень абстракции. Перестаньте думать о файлах - подумайте о коде в разных классах и о том, как вы можете вызвать этот код. В каком файле определен класс (и он вообще не должен быть файлом!) Не имеет значения.
Кстати, с 40000 элементов вы можете столкнуться с ограничениями на размер метода, если вы определите их непосредственно в коде. Было бы лучше поместить данные в текстовый файл и проанализировать это. Таким образом, вам также не нужно ничего перекомпилировать при изменении данных.
Редактировать: Альтернативой написанию синтаксического анализатора для файла будет вычисление данных один раз, помещение их в соответствующую структуру данных Java (массив, список, отображение и т. Д.), А затем сериализацию в файл с использованием ObjectOutputStream. Обратите внимание, что это вызовет проблемы, если данные будут храниться в классах, которые впоследствии изменят свою подпись.