Если формат не поддерживается (а Pharmacode отсутствует в списке штрих-кодов ZXing: https://github.com/zxing/zxing/blob/master/README.md), вам придется изменить код ZXing для поддержки вашего определенного формата или найти / купить / лицензировать a библиотека, которая делает. Тот факт, что я могу перевернуть штрих-код UPC или Code128, встроен в логику декодирования для этого типа кода.
Честно говоря, я полагаю, что потребуется некоторое усилие для изменения ZXing, так как вам нужно будет изменить 1-D декодер, чтобы получить значение ориентации или изменить вывод декодирования для обработки обоих случаев ориентации и раздельного анализа правильных результатов ориентации.