Вы можете сначала преобразовать свой первый столбец в dd типа pd.Timedelta, затем установить его в индекс и использовать повторную выборку со счетом:
from io import StringIO
txt = StringIO("""00:00:01 data1
00:00:21 data2
00:02:02 data3
00:02:10 data4
00:02:31 data5""")
df = pd.read_csv(txt, names=['Time','Value'], sep='\s+')
df['Time'] = pd.to_timedelta(df['Time'])
df = df.set_index('Time')
df_out = df.resample('T').count()
df_out
Вывод:
Value
Time
00:00:01 2
00:01:01 0
00:02:01 3
Всписок:
df_out['Value'].tolist()
Вывод:
[2, 0, 3]