Я никогда не программировал в Unity, но я предполагаю, что вы работаете в окне Windows.Если вы сделаете, чтобы окно верхнего уровня для приложения не появлялось в главной области панели задач, сделайте окно «Окном инструментов» (установив расширенный стиль WS_EX_TOOLWINDOW для окна), тогда окно / приложение не будет отображаться напанель задач.
Я оставлю это кому-то, кто знает достаточно Unity, чтобы рассказать вам, как установить этот стиль.Вот ссылка для начала (на стороне Windows, а не на стороне Unity): Управление кнопками панели задач