Если под «пропуском» файла при слиянии вы подразумеваете «оставить этот файл таким, каким он был до слияния», вы можете разрешить конфликт файлов при слиянии, а затем сказать git, что вы хотите версию файла перед слиянием., с (в соответствии с вашим контекстом, но, вероятно,) git checkout --ours your.file, затем не забудьте git add your.file и закончите слияние, как обычно.