Я не совсем уверен, но вы, вероятно, можете объединить таблицы информационной схемы из обеих баз данных и проверить различия:
SELECT d1.TABLE_NAME, d1.COLUMN_NAME
, d1.DATA_TYPE, d2.DATA_TYPE
, d1.CHARACTER_MAXIMUM_LENGTH, d2.CHARACTER_MAXIMUM_LENGTH
FROM database2.INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS AS d2
LEFT JOIN database1.INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS AS d1 ON
d2.TABLE_NAME = d1.TABLE_NAME AND
d2.COLUMN_NAME = d1.COLUMN_NAME
WHERE d2.TABLE_NAME IS NULL
OR d1.DATA_TYPE <> d2.DATA_TYPE
OR d1.CHARACTER_MAXIMUM_LENGTH <> d2.CHARACTER_MAXIMUM_LENGTH
Затем вы можете проверить результаты и сгенерировать запросы на изменение таблицы.