Удивительно просто использовать dateutil
import dateutil
dateutil.parser.parse("2018-10-28T12:49:00.816Z")
вывод:
datetime.datetime(2018, 10, 28, 12, 49, 0, 816000, tzinfo=tzlocal())
или напрямую в ваш формат:
dateutil.parser.parse("2018-10-28T12:49:00.816Z").strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S')
вывод:
'2018-10-28 12:49:00'