Вы получаете эту ошибку, потому что SQL_CALC_FOUND_ROWS может использоваться в запросе для возврата одного числа в FOUND_ROWS ().
Вы можете вернуть счет, сделав это:
SELECT 'table1' AS tablename, COUNT(1) AS rowcount FROM table1 WHERE id > 1
UNION ALL
SELECT 'table2' AS tablename, COUNT(1) AS rowcount FROM table2 WHERE id > 1
...
SELECT 'tableN' AS tablename, COUNT(1) AS rowcount FROM tableN WHERE id > 1
, если это поможет.
Если вы хотите вернуть строки из таблиц с подсчетом, измените их:
SELECT field1, field2, (SELECT COUNT(1) FROM table1 WHERE id > 1000) FROM table1 WHERE id > 1000
UNION ALL
SELECT field1, field2, (SELECT COUNT(1) FROM table2 WHERE id > 1000) FROM table2 WHERE id > 1000
...
SELECT field1, field2, (SELECT COUNT(1) FROM tableN WHERE id > 1000) FROM tableN WHERE id > 1000
Из вашего вопроса не совсем ясно, чего вы пытаетесь достичь.