Как я могу разобрать файл PDB в Python?

Question

Я хотел бы создать функцию, которая может анализировать следующее из любого файла PDB:

1. Идентификатор спирали каждой спирали и длина

2. Идентификатор листа, количество нитей и общее количество остатков

---

f=open('5ogb.pdb')
lines=f.readlines()

print lines[337] 
print lines[338]

print "helixID= AA2"

Как мне улучшить этот код, пожалуйста?Заранее спасибо.

Answer 1

Существует множество разных пакетов, которые могут это сделать.Я бы использовал модуль Bio.PDB из биопиона.Вот учебник , который поможет вам начать работу.