Поддержка библиотеки pydicom при просмотре файлов DICOM на потерянном содержимом python

Question

Я использую библиотеку pydicom, чтобы увидеть файл DICOM, как показано на рисунке 2, но я хочу выяснить число 3. Я не знаю, как это сделать.Вы помогаете направлять меня.Я благодарю вас

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import pylab
import pydicom

filename = 'newfilename.dcm'
dataset = pydicom.dcmread(filename)
plt.imshow(dataset.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)
plt.show()

Ошибка изображения ссылки

Answer 1

Ваша проблема связана с тем, что называется «оконным».Поскольку диапазон градаций серого (обычно: -1000 ... + 4000) в файле DICOM выше, чем диапазон градаций серого, который может отображать стандартная система отображения (0..255), диапазон градаций серого будет извлечен из изображения,Значения серого ниже этого диапазона отображаются на черном;значения серого выше этого диапазона отображаются на белом.

pylab.cm.bone

говорит о том, что окно было настроено для выделения костей, что имеет место на изображении, которое вы разместили.Я посмотрел на документацию по цветным картам, но никакое другое значение не кажется мне подходящим (возможно, это помогает поиграть с различными цветными картами).Я бы порекомендовал вам рассчитать собственную цветовую карту, которая основывается либо на гистограмме изображения, либо на настройках окон в заголовке DICOM изображения (атрибуты (0028,1050) и (0028,1051). Стандарт DICOM, часть 3, C.11.2 объясняет, как рассчитывать LUT по значениям окна.