Ошибка PHP [2]: include (MongoClient.php): не удалось открыть поток: нет такого файла или каталога в файле /var/www/yii/framework/YiiBase.php в строке 427
После правильной установки Mongo 2.4.9 версии. PECL расширение также установлено.
Добавьте extension=mongo.so в /etc/php5/cli и сделайте sudo service apache2 restart.
extension=mongo.so
/etc/php5/cli
sudo service apache2 restart