Вы бы использовали @EnableCassandraRepositories
и @EnableJpaRepositories
с явным атрибутом basePackages, где расположены соответствующие репозитории:
@EnableCassandraRepositories(basePackages = { "org.spring.cassandra.example.repo" })
и
@EnableJpaRepositories(basePackages = { "org.spring.jpa.example.repo" })