Обычно CloudFormation используется для запуска предопределенной инфраструктуры.Ваше требование запускать переменное число экземпляров с информацией, которая меняется для каждого экземпляра каждый день, не соответствует модели для использования CloudFormation.
В зависимости от вашего варианта использования, я бы порекомендовал написание скрипта для выполнения требуемой операции.
Например, скрипты Python, которые перечисляют AMI, идентифицируют те, которые вы хотите использовать, а затем запускают экземпляры EC2 с использованием этих AMI.