dyld: ленивая привязка символов не удалась: символ не найден: _Perl_xs_handshake: IO.bundle - PullRequest
Новая
       11

dyld: ленивая привязка символов не удалась: символ не найден: _Perl_xs_handshake: IO.bundle

0 голосов
/ 26 июня 2018

Я сделал простой скрипт bioperl, используя следующие библиотеки 

use warnings;
use strict;
use Bio::SeqIO;
use File::Basename;
use Getopt::Std;


  • Раньше он работал, но из-за некоторых обновлений perl не работает с:

    dyld: привязка ленивого символа не удалась: символ не найден: _Perl_xs_handshake Ссылка на: /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26/darwin-thread-multi-2level/auto/IO/IO.bundle Ожидаетсяв: плоское пространство имен

    dyld: символ не найден: _Perl_xs_handshake Ссылка на: /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26/darwin-thread-multi-2level/auto/IO/IO.bundle Ожидается в: flat namespace


  • Я использую macport и иногда cpan (возможно, не очень хорошая идея !!) для обслуживания моего ноутбука OSX(10.13.5)

  • Мой perl -V дает:

    Сводка моей конфигурации perl5 (версия 5, версия 26 subversion 2):

    Платформа: osname = darwin osvers = 17.6.0 archname = darwin-thread-multi-2level uname = 'darwin highsierra.internal.macports.net 17.6.0 ядро ​​darwinверсия 17.6.0: вт 8 мая 15:22:16 pdt 2018;root: xnu-4570.61.1 ~ 1release_x86_64 x86_64 'config_args =' - des -Dprefix = / opt / local -Dscriptdir = / opt / local / bin -Dvendorprefix = / opt / local -Dusemultiplicity = y -Dusethreads -Duseshrplib -Dcc/ usr / bin / clang -Dman1ext = 13:00 -Dman3ext = 15:00 -Dinstallstyle = lib / perl5 -Dman1dir = / opt / local / share / man / man1p -Dman3dir = / opt / local / share / man / man3p -Dsitebin = /opt / local / libexec / perl5.26 / sitebin -Dsiteman1dir = / opt / local / share / perl5.26 / siteman / man1 -Dsiteman3dir = / opt / local / share / perl5.26 / siteman / man3 -Dvendorbin = / opt/local/libexec/perl5.26 -Dvendorman1dir = / opt / local / share / perl5.26 / man / man1 -Dvendorman3dir = / opt / local / share / perl5.26 / man / man3 -Dpager = / usr / bin /less -sR -Dperlpath = / opt / local / bin / perl5.26 -Dstartperl = #! / opt / local / bin / perl5.26 -Acppflags = -I / opt / local / include -Accflags = -pipe -Os -Alddlflags = -L / opt / local / lib -Wl, -headerpad_max_install_names -Aldflags = -L / opt / local / lib -Wl, -headerpad_max_install_names 'подсказка = рекомендуемое useposix = true d_sigaction = определить useithreads = определить usemultiplicity = определить use64= определить use64bitall = определить uselongdouble = undef usemymalloc = n default_inc_exclude_dot = определить bincompat5005 = undef Компилятор: cc = '/ usr / bin / clang' ccflags = '- fno-common -DPERL_DARWIN -mmacosx-version-min = 10.13 -pipe -Os-fno-строго-псевдонимы -fstack-protector-strong -I / opt / local / include -DPERL_USE_SAFE_PUTENV 'optimize =' - O3 'cppflags =' - I / opt / local / include -fno-common -DPERL_DARWIN -mmacosx-version-min = 10.13 -pipe -Os -fno-строго-псевдонимы -fstack-protector-strong -I / opt / local / include 'ccversion =' 'gccversion =' 4.2.1 Совместимо с Apple LLVM 9.1.0 (clang-902.0.39.2) 'gccosandvers =' 'intsize = 4 longsize = 8 ptrsize = 8 doublesize = 8 byteorder = 12345678 doublekind = 3 d_longlong = определить longlongsize = 8 d_longdbl = определить longdblsize = 16 longdblkind = 3 ivtype =' long 'ivsize = n'double' nvsize = 8 Off_t = 'off_t' lseeksize = 8 alignbytes = 8 прототип = определить компоновщик и библиотеки: ld = '/ usr / bin / clang' ldflags = '-mmacosx-version-min = 10,13 -L / opt /local / lib -Wl, -headerpad_max_install_names -fstack-protector-strong 'libpth= / opt / local / lib /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/9.1.0/lib /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain / usr / lib / usr / lib libs = -lpthread -lgdbm -ldbm -ldl -lm -lutil -lc perllibs = -lpthread -ldl -lm -lutil -lc libc = so = dylib useshrplib = true libperl = libperl.dylibgnulibc_version = '' Динамическое связывание: dlsrc = dl_dlopen.xs dlext = bundle d_dlsymun = undef ccdlflags = '' cccdlflags = '' lddlflags = '-mmacosx-version-min = 10.13 -bundle -undefined динамический_pt / lookup -L-Wl, -headerpad_max_install_names -fstack-protector-strong '

    Характеристики этого двоичном (от libperl): опции времени компиляции: HAS_TIMES МНОЖЕСТВЕННОСТЬ PERLIO_LAYERS PERL_COPY_ON_WRITE PERL_DONT_CREATE_GVSV PERL_IMPLICIT_CONTEXT PERL_MALLOC_WRAP PERL_OP_PARENT PERL_PRESERVE_IVUV PERL_USE_SAFE_PUTENV USE_64_BIT_ALL USE_64_BIT_INT USE_ITHREADS USE_LARGE_FILES USE_LOCALE USE_LOCALE_COLLATE USE_LOCALE_CTYPE USE_LOCALE_NUMERIC USE_LOCALE_TIME USE_PERLIO USE_PERL_ATOF USE_REENTRANT_API Построенный под Darwin Составлено на 19 июня 2018 13:45: 49% ENV: PERL5LIB = "/ opt / local / lib / perl5 / site_perl / 5.26 :: / opt / biotools / ensembl_main / bioperl-1.2.3: / opt / biotools / ensembl_main / bioperl-live: / opt / biotools/ ensembl_main / Ensembl / модули: / OPT / biotools / ensembl_main / Ensembl-compara / модули: / OPT / biotools / ensembl_main / Ensembl-вариации / модули: / OPT / biotools / ensembl_main / Ensembl-functgenomics / модули: / OPT / biotools/ ensembl_main / Ensembl-внешние модули /: / OPT / biotools / ensembl_main / Ensembl-инструменты / модули: / OPT / biotools / circos / Библиотека: / OPT / biotools / circosapi / Библиотека: / Opt / biotools / GeneNomenclatureUtils / модули: /opt/biotools/Haplotyping-0.1.0/Perl: / OPT / biotools / HMMER / PfamScan: / опт / biotools / Kaviar: / опт / biotools / пита / Библиотека: / OPT / biotools / vcftools / Библиотека/perl5/site_perl/5.24:/work/MyScripts/modules:/work/MyScripts/pharmgkb:/opt/biotools/mummer/scripts "@INC: /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26/darwin-thread-multi-2level /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26 /opt/biotools/ensembl_main/bioperl-1.2.3 / opt / biotools / ensembl_main / bioperl-live / opt / biotools / ensembl_main / ensembl / modules / opt /биоинструменты / ensembl_main / ensembl-Сравнение / модули / opt / биоинструменты / ensembl_main / ensembl-вариации / модули / opt / биоинструменты / ensembl_main / ensembl-functgenomics / модули / opt / биотоолы / ensembl_main / ensembl-внешние / модули / optensembl_main / ensembl-tools / modules / opt / biotools / circos / lib / opt / biotools / circosapi / lib / opt / biotools / GeneNomenclatureUtils / modules /opt/biotools/Haplotyping-0.1.0/Perl / opt / biotools / hmmer /PfamScan / opt / biotools / kaviar / opt / biotools / pita / lib /opt/biotools/vcftools/lib/perl5/site_perl/5.24 / work / MyScripts / modules / work / MyScripts / pharmgkb / opt / biotools / mummer / scripts /opt/local/lib/perl5/site_perl/5.26/darwin-thread-multi-2level / opt / local / lib / perl5 /site_perl / 5.26 /opt/local/lib/perl5/vendor_perl/5.26/darwin-thread-multi-2level /opt/local/lib/perl5/vendor_perl/5.26 /opt/local/lib/perl5/5.26/darwin-thread-multi-2level /opt/local/lib/perl5/5.26

Я подозреваю, что изменил какой-то путь или зависимость, но не нашел что.Есть идеи?

Заранее спасибо

...