Если вы имеете дело со строкой #FF123456
let x = '#FF123456';
console.log(x.replace(/#(..)(......)/, '#$2$1'));
Если, однако, x - это число, 0xFF123456 -
let x = 0xFF123456
console.log(`#${(x & 0x0FFFFFF).toString(16).padStart(6, '0')}${(x >>> 24).toString(16).padStart(2, '0')}`);