На первый взгляд кажется, что вы неправильно поняли, что делает git rm.
Food101.mlmodel содержится как минимум в одном коммите. То есть вы уже звонили git add Food101.mlmodel и git commit. Ошибка / предупреждение, которое вы получаете, когда вы тогда git push.
git rm никогда не удалит файл из предыдущего коммита. Он только удалит файл, готовый принять версию кода, которая больше не содержит его. Это не похоже на то, что вы хотите.
Похоже, вам нужно переписать историю коммитов, чтобы она вообще не содержала Food101.mlmodel. Для этого я предлагаю вам найти ответы на вопрос, как «перебазировать» ваши коммиты для удаления файла. Или, если он содержится только в вашем последнем коммите или двух, вы, возможно, предпочтете просто использовать git reset HEAD~, чтобы сделать шаг назад и зафиксировать изменения без большого файла.