скрипт bash для выполнения действий в контейнере сингулярности, который он открывает - PullRequest
Новая
       26

скрипт bash для выполнения действий в контейнере сингулярности, который он открывает

0 голосов
/ 26 июня 2018

Я использую следующий рабочий процесс на RedHat в терминале:

  • открыть изображение особенности:

singularity run /mn/sarpanitu/singularity/test/fenics-and-more.img

  • экспорт некоторых дисплеев внутри сингулярности:

export DISPLAY=:0.0

  • экспорт пути к гм внутри сингулярности:

export PATH="$HOME/Downloads/gmsh-git-Linux64/bin:$PATH"

Я хочу поместить все как скрипт bash. Мой первый (не работающий) подход заключается в следующем (все в файле singularity_script.sh ): 

#!/bin/bash

function singularity_script(){
  singularity run /mn/sarpanitu/singularity/test/fenics-and-more.img
  export DISPLAY=:0.0
  export PATH="$HOME/Downloads/gmsh-git-Linux64/bin:$PATH"
}

Я выполняю его, используя источник и затем вызывая функцию: 

chmod +x singularity_script.sh
. singularity_script.sh
singularity_script

Но, конечно, это не работает, поскольку экспорт выполняется (я думаю?) В родительском терминале, а не в сингулярности сына. Поэтому я не получаю правильно экспортированные отображение и путь в единственном числе.

Есть ли способ это исправить? Я думаю, что решение было бы автоматически запустить скрипт внутри контейнера при запуске контейнера, но как это сделать просто?

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 21 августа 2018

Понял! У решения @tormodlandet была одна проблема, т. Е. Контейнер с особенностями умер после того, как была запущена команда, вызванная с параметром -c.

Я могу заставить его работать, выполнив следующее: 

singularity shell /mn/sarpanitu/singularity/test/fenics-and-more.img -c "export DISPLAY=:0.0 && export PATH="$HOME/Downloads/gmsh-git-Linux64/bin:$PATH" && /bin/bash -norc"

Это выполняет команду, которую я хочу, в сингулярности, а затем порождает gnome-terminal из контейнера сингулярности, который не умирает, пока не выйдет.

Отсутствие /bin/bash -norc в конце означает, что контейнер сингулярности умирает после последней команды.

Таким образом, чтобы вызывать полезные команды из сценария, а не из простой команды, просто используйте: 

singularity shell /mn/sarpanitu/singularity/test/fenics-and-more.img -c "bash script_singularity.sh && /bin/bash -norc"

где в текущем рабочем каталоге находится файл script_singularity.sh, содержащий команды для запуска: 

echo "Hi there..."
export DISPLAY=:0.0
export PATH="$HOME/Download/gmsh-git-Linux64/bin:$PATH"
echo "...done exports!"

Редактировать

Если вы хотите иметь хорошо выглядящий терминал, вы можете предоставить bashrc файл конфигурации. Например: 

singularity shell /mn/sarpanitu/singularity/test/fenics-and-more.img -c "bash script_singularity.sh && /bin/bash -rcfile singularity_bashrc"

где singularity_bashrc ваш bashrc для использования. Например, он прекрасно работает с (это многословно, чтобы добавить сюда, и есть много мест с гораздо более подробными объяснениями bashrc, но это было запрошено в некоторых комментариях): 

# check the window size after each command and, if necessary,
# update the values of LINES and COLUMNS.
shopt -s checkwinsize

# set variable identifying the chroot you work in (used in the prompt below)
if [ -z "${debian_chroot:-}" ] && [ -r /etc/debian_chroot ]; then
    debian_chroot=$(cat /etc/debian_chroot)
fi

# set a fancy prompt (non-color, unless we know we "want" color)
case "$TERM" in
    xterm-color) color_prompt=yes;;
esac

# uncomment for a colored prompt, if the terminal has the capability; turned
# off by default to not distract the user: the focus in a terminal window
# should be on the output of commands, not on the prompt
force_color_prompt=yes

if [ -n "$force_color_prompt" ]; then
    if [ -x /usr/bin/tput ] && tput setaf 1 >&/dev/null; then
    # We have color support; assume it's compliant with Ecma-48
    # (ISO/IEC-6429). (Lack of such support is extremely rare, and such
    # a case would tend to support setf rather than setaf.)
    color_prompt=yes
    else
    color_prompt=
    fi
fi

if [ "$color_prompt" = yes ]; then
    PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\[\033[01;32m\]\u@\h\[\033[00m\]:\[\033[01;34m\]\w\[\033[00m\]\$ '
else
    PS1='${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h:\w\$ '
fi
unset color_prompt force_color_prompt

# If this is an xterm set the title to user@host:dir
case "$TERM" in
xterm*|rxvt*)
    PS1="sing-\[\e]0;${debian_chroot:+($debian_chroot)}\u@\h: \w\a\]$PS1"
    ;;
*)
    ;;
esac

# enable color support of ls and also add handy aliases
if [ -x /usr/bin/dircolors ]; then
    test -r ~/.dircolors && eval "$(dircolors -b ~/.dircolors)" || eval "$(dircolors -b)"
    alias ls='ls --color=auto'
    #alias dir='dir --color=auto'
    #alias vdir='vdir --color=auto'

    alias grep='grep --color=auto'
    alias fgrep='fgrep --color=auto'
    alias egrep='egrep --color=auto'
fi
0 голосов
/ 20 августа 2018

Если у вас есть доступ для изменения образа Singularity (или его перестройки), вы можете изменить runcript . В противном случае вы можете поместить свой bash-скрипт в место, которое монтируется внутри образа Singularity (возможно, текущий рабочий каталог, по крайней мере, в зависимости от ваших настроек). Затем запустите что-то вроде этого (используя exec ) 

singularity exec my_sing.img bash /pth/to/script.sh
...