Snakemake: параметры Singularity --home и --bind установлены по умолчанию, но не разрешены в HPC - PullRequest
Новая
       83

Snakemake: параметры Singularity --home и --bind установлены по умолчанию, но не разрешены в HPC

0 голосов
/ 19 марта 2020

Я уже опубликовал это как проблему на Github на https://github.com/snakemake/snakemake/issues/279, но пока не получил никакого ответа. Я надеюсь найти помощь здесь.

Версия

Я использую следующие версии в нашем кластере HP C: Snakemake c5.4.4 особенность версия 3.5.3

Минимальный пример 

singularity: "docker://bash"

rule test:
    shell: "echo test"

Опишите ошибку 

snakemake --use-singularity --debug

возвращает это сообщение: 

Building DAG of jobs...
Pulling singularity image docker://bash.
Using shell: /bin/bash
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job counts:
    count   jobs
    1   test
    1

[Fri Mar 13 15:59:30 2020]
rule test:
    jobid: 0

Activating singularity image /data/nanopore/test/.snakemake/singularity/36b22e49e8a03fd08160e9345dd1034e.simg
FATAL:   container creation failed: not mounting user requested home: user bind control is disallowed
[Fri Mar 13 15:59:30 2020]
Error in rule test:
    jobid: 0

RuleException:
CalledProcessError in line 4 of /data/nanopore/test/Snakefile:
Command ' singularity exec --home /data/nanopore/test  --bind /opt/snakemake/v5.4.4/lib/python3.5/site-packages/snakemake-5.4.4-py3.5.egg:/mnt/snakemake /data/nanopore/test/.snakemake/singularity/36b22e49e8a03fd08160e9345dd1034e.simg bash -c 'set -euo pipefail;  echo test'' returned non-zero exit status 255
  File "/data/nanopore/test/Snakefile", line 4, in __rule_test
  File "/usr/lib/python3.5/concurrent/futures/thread.py", line 55, in run
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Complete log: /data/nanopore/test/.snakemake/log/2020-03-13T155917.601627.snakemake.log

Очевидно, что snakemake запускает особенность со значениями по умолчанию для --home и --bind. Однако они были запрещены администратором.

Выполнение 

singularity exec --home /data/nanopore/test  --bind /opt/snakemake/v5.4.4/lib/python3.5/site-packages/snakemake-5.4.4-py3.5.egg:/mnt/snakemake /data/nanopore/test/.snakemake/singularity/36b22e49e8a03fd08160e9345dd1034e.simg bash -c 'set -euo pipefail;'

возвращает: 

FATAL:   container creation failed: not mounting user requested home: user bind control is disallowed

Дополнительный контекст Есть ли способ отключить настройку параметра Singularity по умолчанию в snakemake? Внутри контейнера Singularity каталог /data по-прежнему доступен для записи и чтения.

Большое спасибо

...