snakemake + особенность, избавление от зависимости от python - PullRequest
0 голосов
/ 27 февраля 2019

У меня есть немного странный вопрос: рассмотрим случай контейнерного рабочего процесса, когда весь рабочий процесс выполняется с использованием одного контейнера с особенностями.Это все еще требует наличия Python в системе для вызова snakemake --use-singularity, верно?Как мне избавиться и от этой зависимости?Могу ли я просто установить python, snakemake и особенность в своем контейнере и выполнить

singularity exec my-container snakemake --use-singularity

Безопасно ли это использовать с конфигурациями кластера?

Редактировать: похоже, не работает вообще - яне удалось заставить змеиного мейкера с особенностью работать из другого контейнера ...

...