Я предполагаю, что вы не используете какое-либо постоянное хранилище для своих сессий.В этом случае сеансы хранятся в памяти экспресс-приложения.Следовательно, перезапуск отбросит все сеансы.Вам нужен кеш, такой как Redis, или даже postgres для сохранения ваших сессий.