ADFS <= 2016 не разрешает вход в систему на основе iFrame для какой-либо интерактивной аутентификации по соображениям безопасности. Это сработало бы, если бы пользователю не нужно было выполнять интерактивный вход в систему (файл cookie единого входа или WIA). </p>
Правильный шаблон (поскольку вы находитесь в 2016 году) - использовать потоки OIDC для входа в приложение и использовать токен обновления для получения новых токенов доступа.
Даже здесь вам нужно обработать случай истечения срока действия маркера обновления, когда вам нужно будет локально сохранить контекст приложения (cookie или локальный кеш) и включить полное перенаправление в ADFS.
ADFS 2019 теперь имеет возможность, где администратор может настраивать параметры, для которых хосты разрешают iFrames, управляя заголовками.
Спасибо // Сэм (Twitter: @MrADFS)