Вы должны поместить все ресурсы (css, images, js, plugins ...) вне папки приложения. Например, создайте папку «assets» в вашем корневом пути. Например использование;
<?=base_url('assets/js/custom.js')?>
И измените файл .htaccess следующим образом;
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|assets)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]