Конечно.
Самый простой способ - запустить файл с помощью алгоритма MD5 и внедрить эти данные в файл. Вы можете разделить контрольную сумму и поместить ее в известные точки файла (в зависимости от размера файла, например, 30%, 50%, 75%), если вы хотите попытаться скрыть ее.
Точно так же вы можете зашифровать файл или зашифровать часть файла (вместе с контрольной суммой MD5) и вставить ее в файл.
Редактировать
Я забыл сказать, что вам нужно будет удалить данные контрольной суммы перед их использованием.
Конечно, если ваш файл должен быть легко читаемым другой программой, например, В Word все становится немного сложнее, так как вы не хотите «испортить» файл, чтобы он больше не читался.