вопрос не ясен
CMS files is on
DOMAIN.COM/cms
and uploaded the Nuxtjs files on the root
DOMAIN.COM/cms
находятся в одной папке ??? ...
почему бы вам просто не разместить свой сервер drupal в поддомене, например, api.misite.com и ваше приложение nuxt, в основном домене misite.com и отправлять запросы на поддомен api.
почти всегда использование поддоменов вместо папок может избавить вас от головной боли из-за конфликтующих конфигураций apache, вам просто нужно определить, позволяет ли ваш хостинг поддоменам (вероятно, да) ... надеюсь, это поможет вам