Ошибка: дискретное значение передается в непрерывном масштабе - ошибка при построении матрицы смежности из igraph - PullRequest
Новая
       15

Ошибка: дискретное значение передается в непрерывном масштабе - ошибка при построении матрицы смежности из igraph

0 голосов
/ 29 октября 2018

Я хочу построить матрицу смежности графа в виде шахматной доски. Код работает нормально с графами, созданными с использованием таких функций, как встроенный «make_star», но завершается ошибкой при использовании графов, созданных из матриц смежности в CSV-файлах.

CSV-файл, используемый в этом тесте , можно найти здесь 

require(igraph)
require(ggplot2)
require(reshape2)

require("igraph")


loadGraph <- function(dataPath)
{

  loadedDF <- read.csv(dataPath,
                       header=FALSE,
                       sep=',', #separate by comma
                       quote="'", # quote by '
                       stringsAsFactors = FALSE,
                       check.names = FALSE)

  #selects numeric values, drops the rest
  loadedDF <- loadedDF[sapply(loadedDF, is.numeric)]

  rownames(loadedDF) <- colnames(loadedDF)
  loadedMat <- as.matrix(loadedDF)

  #we use the rownames to index deletions
  g <- graph_from_adjacency_matrix(loadedMat) %>%
    set_vertex_attr("label", value = 1:nrow(loadedDF))


  return(g)
}

plotAdjMatrix <- function(graphToPlot){

  gAdjMatrix <- as.matrix(as_adj(graphToPlot))

  logMatrix <- (gAdjMatrix == 1)

  matData <- melt(logMatrix)

  g <- ggplot(data = matData,
              aes(Var2, Var1)) + 
    geom_tile(aes(fill = value, 
                  color = value)) + 
    coord_equal() + 
    scale_fill_manual(values = c("TRUE" = "black", "FALSE" = "white")) + 
    scale_color_manual(values = c("TRUE" = "white", "FALSE" = "black")) + 
    theme_bw() +
    theme(axis.title = element_blank(),
          axis.text = element_blank(),
          axis.ticks = element_blank(),
          panel.grid = element_blank()) +
    guides(fill = FALSE, color = FALSE) +
    scale_y_reverse()

  print(g)
}

## Test #1 
g1 <- make_star(5)

# this works
plotAdjMatrix(g1)

## Test #2
g2 <- loadGraph("./data/starGraphAdjMatrix.csv")

# this fails
plotAdjMatrix(g2)

Вот как выглядит g1 

g1
IGRAPH b93c150 D--- 5 4 -- In-star
+ attr: name (g/c), mode (g/c), center (g/n)
+ edges from b93c150:
[1] 2->1 3->1 4->1 5->1

А это g2: 

> g2
IGRAPH e338cdb DN-- 5 8 -- 
+ attr: name (v/c), label (v/n)
+ edges from e338cdb (vertex names):
[1] V1->V2 V1->V3 V1->V4 V1->V5 V2->V1 V3->V1 V4->V1 V5->V1

Глядя на это, у меня была идея переименовать вершины в «g2» в «1, 2, 3, ...» и попытаться удалить строку: 

 set_vertex_attr("label", value = 1:nrow(loadedDF)

безрезультатно.

1 Ответ

0 голосов
/ 29 октября 2018

Интересно, проблема в scale_y_reverse. Когда вы загружаете данные из файла csv, имена столбцов V1, ..., V5, и метки на оси y также являются такими. Затем, по-видимому, scale_y_reverse завершается неудачно, потому что он пытается обратить не числовые значения, рассматривая их как числовые.

Один из способов исправить это - заменить 

gAdjMatrix <- as.matrix(as_adj(graphToPlot))

с 

gAdjMatrix <- unname(as.matrix(as_adj(graphToPlot)))
...