В Docker контейнеры должны быть предварительно сконфигурированы в DockerFile, и когда вы изменяете конфигурацию, вы должны перестроить ваш Docker-контейнер и перезапустить его. Вы не должны ожидать, что вы изменяете конфигурацию динамически без перезапуска, это не то, как работает большинство контейнеров Docker.
Вы по-прежнему можете делать то, что хотите, с текущим образом докера Payara, если перезаписать ENTRYPOINT, используя bin/asadmin start-domain вместо сценария startInForeground.sh. Это запустит процесс запуска Java, который будет наблюдать за процессом сервера и перезапускать его при необходимости. Сценарий startInForeground.sh используется по умолчанию для оптимизации работы сервера в контейнере.