Чтобы смоделировать что-либо импортированное и использованное в родительском модуле, вам нужно смоделировать это в родительском модуле.
а / a.py
import subprocess
class A(object):
def __init__(self):
print(subprocess.call(['uname']))
б / b.py
from a.a import A
class B(A):
def __init__(self):
super(B, self).__init__()
В вашем юнит-тесте
from b.b import B
from unittest.mock import patch
with patch('a.a.subprocess.call', return_value='ABC'):
B()
ABC